Студенты академии ниндзя подобным Конохамару преподается основные навыки ниндзя.Как только они освоят нужные навыки они могут стать выпустниками и становятся практически ниндзя.Однако если новые генины не впечатляют их джонина сенсея,они могут быть посланы в обратно в академию для повторного обучения Чунин-основной квалифицированный ниндзя деревни.Эти ниндзя могут быть медиками или преподавателями.Они когда-то были генинами которые для показа на экзамене чунин продвигали привосходные сведения стратегий и боевых навыков.Чунины имеют эквивалентный разряд военного капитана,экпонируя сильную выдержку,знание и внутреннюю мудрость Генин обладает самыми низкими навыками ниндзя.Они обладают знанием всех основных навыков ниндзя и могут выполнять миссии низкого уровня c и d с их джонин сенсеями.Как только генины успешно выполнили 8 миссий их джонин сенсей может их готовить для экзамена на чунина Джонин-это ниндзя который высококвалифицирован во всех навыках и искусствах дзюцу.Ниндзя достигают разряда джонин через официальное назначение.Джонин обычно служит командиром команды во время миссий. Специальный джонин-это ниндзя который приобрел высокие навыки джонина в одной области ниндзя искусств.Это такие ниндзя как Морино Ибики,который высококвалифицирован в допросе и пытке.Ниндзя достигают разряда специального джонина через оффициальное назначение. Команда особого назначения АНБУ – является сокращением от Ансау Сендзюцу Токушу Бутай (с яп. специальное убийство и тактическая команда). АНБУ действуют непосредственно от имени и по приказу Каге. Этот специализированный батальон состоит из четырех, пяти ниндзя ранга чунин или джонин. Их деятельность состоит в убийствах и миссиях требующих для выполнения высококвалифицированных ниндзя. Члены АНБУ носят фарфоровые маски, в форме животных, сотсовляющих знаки зодиака. Также они имеют стандартную униформу, состоящую из черной и серой брони, защитных пластинок для рук и татуировки в виде спирали на левом плече. Также члены АНБУ могут носить черные плащи с капюшонами, в то время как лидер команды может носить плащ белого цвета. Беглыми ниндзя, или нукенинами, называют синоби, которые покинули своё селение и перестали на него работать. Нукенинов не следует путать с отшельниками, которые хоть физически из деревни уходят, но продолжают поддерживать связь с каге и в случае чего оказывают помощь. Беглые ниндзя считаются предателями, посколько уносят с собой секреты тренировок, техник, умений и приёмов (а в худшем случае — ещё и наследственных черт). Другие селения почти всегда заинтересованы в получении доступа к чужим тайнам, поэтому часто принимают нукенинов к себе, предоставляя им защиту. Между дружественными селениями могут заключаться договоры о выдаче беглых ниндзя.
В погоню за нукенинами отправляют специально натренированных синоби из ANBU: ойнинов, ниндзя-охотников. Их цель — не только уничтожить самого беглеца, но и ликвидировать то, что может быть использовано врагами селения (оружие в случае его уникальности, части тела в случае кеккей генкая и т. п.). Имена нукенинов, совершивших преступления, помещаются в Бинго Бук — пострадавшее селение назначает награду за их поимку. Синоби, прошедшие специальную тренировку в школе ANBU, отправляемые на длительные миссии в другие страны для охоты на беглых ниндзя и их уничтожения. Обнаружив свою жертву, ойнины не только избавляются от неё, но и делают так, чтобы все тайны селения, которые могли бы быть раскрыты по её вооружению, физиологическим особенностям и иным причинам, остались нераскрытыми (обычно это требует полного уничтожения тела нукенина и его оружия). Ниндзя-медики (яп. 医療忍 ирё:нин?) специализируются в лечении, главным образом используя для этого медицинские дзюцу. Должность врача-ниндзя требует большого уровня знаний и превосходного контроля над чакрой, так как она используется при лечении различных повреждений. Кроме медицинского обучения они, для избежания вражеских атак, уделяют особое внимание изучению боевых навыков, состоящих главным образом из техник тайдзюцу и некоторых медицинских дзюцу. Главной причиной этому является то, что смерть санитара-ниндзя может привести к смерти всей команды. Обычно медики посылаются наряду с группой в опасные миссии, тем самым, увеличивая процент выживания той команды. Каге-самый сильный ниндзя скрытой деревни.Каге служит как опора на которой все деревенские стены,и отношение сил между деревнями ниндзя значительно зависит от силы Каге у власти.Каге имеют превосходную чакру и выдержку и знают множество дзюцу искусств.Толька пяти странам шиноби позваляеца обратится к своему главному ниндзя именем Каге.